千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……　　立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…
　　那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。
　　虽然基拉祈只能停留短暂的七日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。
　　不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？

在代欧奇希斯（以下代欧）变成防御型态与裂空坐持续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播持续呼吁民众这并非演习，而小超则在逃窜中的人群当中，大惑不解为何代欧还活着。当小超在避难时遇见一只难过的正电拍拍。小超一看到神奇宝贝顿时吓坏了，但听到它的求救声便镇静下来。原来它的同伴负电拍拍被陷进垃圾桶里无法挣脱，小超决定帮忙。当他打开垃圾桶盖时，忽然负电拍拍迫不及待地冲出来！小超又吓坏了，不由自主地想要逃离现场，这时忽然小卡比兽也从垃圾桶冒出来！可怜的小超就这么昏过去了。之后小智赶来发现不省人事的小超，便用尽方法想把小超叫醒。小超苏醒后却不高兴地嫌小智多管闲事（背景的小卡比兽则捡着垃圾吃）。此时小遥、小刚、正太、阿隆、一位女性和两位双胞胎女生也赶到，而小智正催促小超赶快逃难。但小超还来不及动作，忽然一束死光射到他们附近的地面，把大家吓得魂飞魄散！大家惊魂甫定时，小超告知有个地方可以躲难，一行人便跟了过去。

【STORY】　　故事舞台发生于大家所熟悉的日本北海道“瓦古娜利亚”的家庭餐馆。在“瓦古娜利亚”里工作的，全是极具个性及形象的人员，包括迷你控的小鸟游宗太、人家一点也不小的种岛白杨、恐惧男性却又殴打男性的伊波真昼、以及常携带日本刀上班的轰八千代等，每天看著他们的互动真的使人十分开心。　　【STAFF】　　原作：高津カリノ　　监督：大槻敦史　　系列构成：吉冈たかを　　角色设计?总作画监督：足立慎吾　　音楽：MONACA　　制作：A-1 Pictures　　【CAST】　　小鸟游宗太：福山润　　种岛白杨：阿澄佳奈　　伊波真昼：藤田咲　　轰八千代：喜多村英梨　　白藤杏子：渡边久美子　　佐藤润：小野大辅　　相马博臣：神谷浩史　　小鸟游一枝：白石凉子　　小鸟游泉：日笠阳子　　小鸟游梢：伊藤静　　小鸟游荠：齐藤桃子　　音尾兵吾：中田让治　　松本麻耶：川濑晶子　　真柴阳平：中村悠一　　真柴美月：户松遥　　ほ最新福利片

纯（逢坂良太 配音）升上了大学，每一天，他上课下课打工，过着枯燥而乏味的生活。某日，在打工的店里，纯意外得到了一本杂志，这本杂志专门教人如何使用杂志里附赠的零件来制作人偶，只要收集齐这一套杂志，按部就班的制作，就能够得到名为真红（泽城美雪 配音）美丽人偶。　　就这样，在好奇心的趋势之下，纯开始制作人偶。可就在快要完工的节骨眼上，纯却收到了杂志休刊的消息，而这一切背后的始作俑者，是名叫雪华绮晶（千叶千惠巳 配音）的人偶。当纯开始制作真红的那一刻起，人偶之间的战争再度拉开了序幕。为了完成自己的作品，纯决定亲自前往N之领域，寻找剩下的材料789电影